(1) الساعات المعتمدة: قرر مجلس المعهد عام 2004 الأخذ بنظام الساعات المعتمدة
Credit Hour System في العملية التعليمية به، وتعمل جميع الأقسام على تطبيقه، وأهم ملامحه:

  • إتباع نظام الفصلين الدراسيين في كل عام دراسي.
  • ضرورة اجتياز 48 ساعة معتمدة للحصول على دبلوم الدراسات العليا، هذا وتعتبر الساعة المعتمدة الواحدة تناظر 12 ساعة دراسية فعلية.
  • هذا النظام يفسح المجال أمام الدارس لمواصلة دراسته بالمستوى وبالترتيب الذي يناسبه وبدون معوقات بقدر الإمكان، تيسيراً وتسهيلاً للعملية التعليمية بوجه عام.
  • ويستهدف النظام تعرّف الطالب على مقررات جميع الأقسام من خلال المواد العامة لتكوين فكرة شاملة لديه عن مجالات الدراسات القبطية، مما يسمح أيضاً بتنشيط الدراسة في كافة أقسام المعهد.

(2) من ضمن المواد العامة، يختار الطالب إحدى اللغات الأوربية الحديثة لدراستها، إما الإنجليزية أو الفرنسية، إلى جانب دراسة النصوص المتخصصة بلغة أجنبية.

(3) نظام الانتظام:

  • لا تقل نسبة الحضور عن 70% بالنسبة للمحاضرات وقاعات البحث والتدريبات العملية.
  • وفي حالة أن أحد الطلبة لم يستوف نسبة الحضور في أحد المقررات، يمنع من تأدية الامتحان.

(4) نظام الانتساب:

  • يقبل المعهد طلبة بنظام الانتساب في الأقسام التى تسمح به بمقتضي لائحتها الداخلية. وهذه الأقسام هي: الدراسات الإفريقية، والاجتماع والتربية، والتاريخ.
  • يعفي المنتسب من نسبة الحضور، إلا في المقررات الدراسية التي تستلزمه وهي مقررات أقسام الفن، والآثار، والعمارة، واللغة القبطية، والألحان. على أن يُبقي المنتسب على اتصاله بالمعهد وبأساتذة قسمه للتعرف على المقررات، ولتقديم الأبحاث وغيرها كبديل عن نسبة الحضور، على ألا يقل تواصله بالحضور إلى المعهد عن مرتين فى الشهر.

(5) نظام الاستماع:

  • يقبل المعهد طلبة بنظام الاستماع، بشرط ألا يقل مؤهلهم عن الثانوية العامة وما في مستواها، وأن تكون له اهتمامات بالثقافة القبطية، مع تسديده للرسوم الدراسية المقررة عليه. علماً بأن الطالب المستمع لا يؤدي أية امتحانات، ولا يحصل على أية درجات علمية من المعهد.
  • يسمح للطالب المستمع بدخول الأقسام النظرية، وهي: التاريخ، والاجتماع والتربية، والدراسات الإفريقية.