• تعتبر الرسالة الأولى للمعهد هى البحث العلمى فى مجالات الدراسات القبطية؛ بما فى ذلك دراسة مظاهر الحضارة القبطية بكل جوانبها من فكر، وتاريخ، ولاهوت، ولغة، وأدب، وفن، وألحان، وموسيقى، وعمارة، وآثار، ومجتمع، ودراسات إفريقية، وغيرها. وتتم هذه الدراسة بطرق منهجية متعمقة وبوسائل نظرية وعملية وتطبيقية، وفقاً للخطط البحثية المحددة لكل قسم من أقسام المعهد.
  • يهدف المعهد إلى المشاركة والإسهام فى مواصلة الكشف عن التراث القبطى بأصوله وفروعه، مع العمل على توثيق وحماية هذا التراث بكافة صوره وأشكاله، المادية، والفكرية، والروحية، وبما يستلزمه من عمليات التسجيل، والتدوين، والترميم.
  • يعمل المعهد على التواصل والتنسيق مع الهيئات العلمية المحلية والعالمية المتخصصة في مجال القبطيات، ودعوة المتخصصين فيه واستقبال الراغبين في دراسته والبحث فيه.
  • يسعى المعهد إلى خدمة الكنيسة والمجتمع القبطي خاصة والمجتمع المصري عامة، ويتم ذلك على أسس روحية، وبحثية، وتطبيقية، وعلمية أكاديمية.
  • يضاف إلى ذلك الدور التعليمى للمعهد فى تدريس القبطيات بصورة أكاديمية متعمقة ومنتظمة لمرحلة الدراسات العليا، مع إعداد الباحثين المتخصصين. وللمعهد أن يمنح درجات علمية في مجال القبطيات: دبلوم الدراسات العليا بعد إتمام دراسة مقرراته لمدة عامين، والماجستير والدكتوراه بعد إعداد ومناقشة رسالة علمية فى أحد تخصصات المعهد.
  • الدراسات اللاهوتية المتخصصة، وبخاصة فى مجالات علم اللاهوت العقيدى والمقارن، مع الرد على الهرطقات والبدع القديمة والحديثة، ودراسة القضايا الفكرية المعاصرة التى ترتبط بالوعي والوجدان القبطي. بالإضافة إلى متابعة الظواهر الاجتماعية في المجتمع المصري عامة والمجتمع القبطي خاصة ودراستها ومواجهتها، مثل دراسة ومواجهة الإلحاد في مصر. وكذلك دراسة روابط وعلاقات وأنشطة الكنيسة القبطية مع كنائس المسكونة، وكذلك دور الكنيسة وخدمتها فى القارة الإفريقية.