• فى أكتوبر 1953 تقدم أ.د. عزيز سوريال عطية بمذكرة لإنشاء المعهد إلى الأستاذ / كامل يوسف صالح وكيل المجلس الملى العام حينذاك.
  • وفى 21 يناير 1954 قرر المجلس الملى العام الموافقة على إنشاء المعهد.
  • وفى 7 يونيو 1954 صدر منشور بابوي يدعم رسالة المعهد، ويصفه بأنه يعيد للكنيسة أمجاد مدرسة الإسكندرية اللاهوتية.
  • وفي 10 يوليو 1955 وافقت وزارة التربية والتعليم على إنشائه بخطابها الصادر من إدارة التعليم العالي رقم 1264، والتي أشادت فيه بفكرة إنشائه لخدمة التاريخ الوطنى فى العصر المسيحى وسد العجز الموجود في هذا المجال.
  • وفي 17 ديسمبر 1954 أقيم حفل افتتاح المعهد بحضور عدد كبير من المهتمين بالدراسات القبطية. وبدأت الدراسة الأكاديمية به يوم 24 يناير 1955. وأطلق علية حينذاك “المعهد العالي للدراسات القبطية”.
  • قابلت الأوساط العلمية العالمية فكرة إنشائه باهتمام بالغ، وسارعت إلى إيفاد علمائها ومندوبيها إليه للتعاون العلمي المشترك.
  • وفى 30 سبتمبر 1962 تأسست أسقفية التعليم والمعاهد الدينية، وأصبح المعهد تابعاً لها، وتمت سيامة نيافة الأنبا شنوده أول أسقف للتعليم والمعاهد الدينية. وتم تنصيبه بابا للإسكندرية وبطريركاً للكرازة المرقسية باسم قداسة البابا شنوده الثالث في 14 نوفمبر 1971.
  • وفى 10 مايو 1967 تأسست أسقفية البحث العلمي وتمت سيامة نيافة الأنبا غريغوريوس أسقفاَ عاماً للدراسات اللاهوتية العليا والثقافة القبطية والبحث العلمي.