يهدف إلى الحفاظ على اللغة القبطية وأصولها وألحانها وصلواتها بالنطق الكنسي السليم، وتعليمها ونشرها، ودراسة قواعدها بإسلوب علمى. باعتبارها أساس كل الدراسات القبطية ومصدرها. ويمتد اهتمام القسم إلى دراسة لهجاتها وتاريخها وتطورها فى العصورالمختلفة، والارتباط بينها وبين اللغات المصرية القديمة (الهيروغليفي، والهيراطيقي، والديموطيقي) إلى جانب مفرداتها المستعملة فى العامية المصرية المعاصرة. ويهتم أيضا بدراسة الأدب القبطى بكل فروعه، وفى كل عصوره، ومنه ما يتواجد بالمخطوطات والآثار القبطية والعمل على ترجمته ونشره. ودراسة نصوص الكتاب المقدس باللغة القبطية، والنصوص الطقسية القبطية المستخدمة فى الكنيسة القبطية، والنصوص القبطية التاريخية، والنصوص القبطية فى مجالات العلوم والطب والصيدلة والقانون، وخلافه. هذا بالإضافة إلى إجراء دراسات مقارنة بين اللغات القبطية واليونانية والعربية.

ويعنى القسم أيضاً بدراسة الصوتيات والخطوط وطرق تدريس اللغة القبطية، وإعداد كتب تعليمها، وإعداد دراسات حرة لتعليم اللغة القبطية، وطباعة القواميس القبطية والمراجع والكتب النافعة للدراسات والبحوث في هذا المجال.