يهتم بدراسة الآثار القبطية (الثابت منها والمنقول) دراسة أثرية وتاريخية ومعمارية والمواد المستخدمة فيها. والحفاظ عليها وتسجيلها وترميمها وصيانتها، ونشر كل ما يتم الكشف عنه فى المناطق الأثرية بالمشاركة مع المجلس الأعلى للآثار، ومع البعثات الأجنبية، وتوجيه الأنظار إلى الأماكن الأثرية التى تحتاج للترميم. ويهتم القسم بدراسة الكنائس القبطية والأديرة ومحتوياتها من الآثار الثابتة والأيقونات والمخطوطات والمحتويات القديمة، وخلافه. وتمتد الدراسة به إلى إجراء مقارنات بالآثار الأخرى المصرية والإسلامية تأثيراً وتأثراً، إلى جانب دراسة الآثار المصرية القديمة والآثار اليونانية الرومانية. ويهتم بدراسة اللغة المصرية القديمة بمراحلها واللغة القبطية ولهجاتها، كما يهتم بدراسة اللغات الأوربية للاستفادة بها فى الاطلاع على الدراسات الغربية عن الآثار القبطية، والعمل على ترجمتها والاستفادة بها. وينظم القسم رحلات علمية للدارسين للأديرة والكنائس الأثرية بالوجهين البحرى والقبلى.

ويضم قسم الآثار الشعب التالية:


1- شعبة الترميم

تهتم بالحفاظ على التراث القبطى ودراسة أصوله ومكوناته الفنية وأساليب تقنيته وصيانته وتسجيله، ويشمل ذلك المبانى والرسوم الجدارية والأيقونات والمخطوطات والنسيج القبطى. ويهتم بترميم الآثار المتنوعة من آثار عضوية وغير عضوية، وترميم الأيقونات، والأخشاب، والمعشقات الخشبية، والمخطوطات، والنسجيات، والرسوم الجدارية، والترميم المعماري، والآثار غير العضوية، إلى جانب دراسة كيمياء الترميم.


2- شعبة الإرشاد السياحي

    تهتم بإعداد مرشدين سياحيين فى مجال القبطيات. وتتضمن الدراسة الاهتمام بأساسيات السياحة وأنواعها واقتصادياتها، وتعريف الإرشاد السياحى ومواصفات المرشد السياحى. واللغات اللازمة لتكوينه، ومقررات تتصل بالسلوكيات والبروتوكول وكيفية تعامله مع ذوي الثقافات الأخرى. كما يتضمن برنامج الدراسة التعرف على أماكن السياحة القبطية والمتاحف ذات الصلة بالفنون والتراث القبطى ودراسة تاريخها وآثارها، وكيفية تنشيط السياحة فى مجال القبطيات.