يهتم أساساً بالألحان والموسيقى القبطية، والحفاظ على الألحان التراثية المسلمة من الآباء للكنيسة. ويتطلب ذلك الدراية بعلوم التأليف الموسيقى (مثل الهارمونية… إلخ) ونظرياتها. ودراسة النوتة الموسيقية وعلوم التدوين الموسيقى. مما يساعد الدارس على تذوق الألحان القبطية على أساس منهجى علمى سليم، ودراستها وتحليلها وفهم المغزى الروحى لها، وإلى دراسة الموسيقى القبطية دراسة علمية دقيقة، ومعرفة خصائصها وادواتها وألحانها. كما يمتد الاهتمام إلى دراسة الموسيقى المقارنة عن طريق الإلمام بالموسيقى المصرية القديمة. ودراسة موسيقى الشعوب الأخرى (العبرية، واللاخلقيدونية، والبيزنطية، واللحن الجريجوري) ومقارنتها بالموسيقى القبطية. ويتوجه القسم إلى جانب عملى وهو جمع الألحان القبطية وتسجيلها على شرائط وإسطوانات وتكوين فريق لحفظ الألحان (خورس)، ويشرف القسم على خورس الألحان من طلبة الكلية الأكليريكية بالقسم النهاري. بالإضافة للدراسات الصيفية للموهوبين من طلبة الكلية والدير المحرق طوال شهر سبتمبر من كل عام فى مصيف غصن الزيتون بأبو قير بالإسكندرية. ويقوم أيضا بتدريس الألحان والتسابيح كدراسة حرة مكثفة، وتقديم بعض الألحان فى رحلات خارج مصر. ويهتم القسم بالتعاون مع الهيئات والجامعات الأجنبية لتسجيل وحفظ التراث الموسيقى القبطى. كما يعقد القسم مؤتمرات ومحاضرات متخصصة لتوعية المرتلين والشمامسة والشعب القبطى للاهتمام بالألحان القبطية بصورتها السليمة والدقيقة.