يهتم هذا القسم بدراسة الفنون القبطية المتنوعة مثل: فن الأيقونات، وفنون التصوير والزخرفة، وفنون الفريسكو، والموزاييك، والنحت، والخشب، والخزف، والفخار، والزجاج المعشق، والمعادن والمينا، ودراسة مواد وأدوات الرسم والنحت، بالإضافة إلى دراسة خصائص النسيج القبطى وطرق تصنيعه. ويدرس التأثير المتبادل بين الفن القبطى وفنون العصور السابقة واللاحقة، وأوجه الشبه والاختلاف بينها. وتمتد الدراسة بالقسم إلى دراسة خصائص مكونات ومحتويات الكنيسة القبطية كالمذابح والمنجليات وحامل الأيقونات والملابس الكهنوتية والشماسية، والستور، والنوافذ وزجاجها ورسومها وغيرها، وخصائص فن التصوير الجدارى بخاماته وأشكاله المختلفة ( الموزاييك، والفريسكو، والنحت البارز). بالإضافة إلى الجانب العقائدى الهام والمتصل بالمضمون اللاهوتى فى الفن القبطى. ودراسة القيم التشكيلية المتوارثة من التراث المصرى القديم، وأيضاً الدراسات التشكيلية (الكتلة – الفراغ – الخط – اللون – الأبعاد – الرمزية). ولا تقتصر الدراسة به على المناهج النظرية بل تمتد إلى الجانب العملى بتدريب الطلبة على الإنتاج الفنى فى مجالاته المتعددة بما يشمله من عمليات التحضير وأسلوب الأداء فى التشكيل والألوان والرموز…. إلخ. ويحرص القسم على الاهتمام بكيفية الحفاظ على نشر نماذج من الفن القبطى القديم والمعاصر محليا وعالميا، والعمل على الوصول بالفن القبطى إلى العالمية.