يهتم بدراسة القارة الإفريقية دراسة متكاملة في أربعة دوائر: جغرافية (طبيعية، واقتصادية، وسياسية)، وأنثروبولوجية (سياسية، وثقافية، واجتماعية، وسلالية)، وتاريخية، وبيئية (إيكولوجية).
فالقسم يقدم ثقافة عامة للدارسين به عن إفريقيا والإفريقيين باعتبارها القارة الأم والوعاء الذي يحتوي مصرنا العزيزة، وباعتبار أن الانتماء إليها جزءاً مهماً من هوية شعبنا وكنيستنا. وقد أقامت الكنيسة القبطية علاقات عريقة مع النوبة وإثيوبيا في العصور المسيحية الأولى. واهتمت مجدداً بشئون الكرازة المرقسية فيها، وصار لها أسقفيات، وكنائس، ورعاة، ورعية، وأنشطة روحية واجتماعية في الكثير من بلدانها.
ويسعي القسم مع دارسيه الي اكتشاف التأثيرات والمؤثرات الحضارية والثقافية المتبادلة (من جهة اللغة، والفنون، والآثار، والعمارة، والدين، والعبادات، والعادات، والتقاليد، وخلافه) بين مصر والقارة لتنمية معارفهم بها، وتوطيد العلاقات بشعوبها. ويرحب بالدارسين الراغبين أو الساعين إلى الخدمة فيها من المصريين والأفارقة ويعمل على إعدادهم لهذه المهمة السامية.

وتركز الدراسة بالقسم على فهم القبائل والشعوب والأجناس فى إفريقيا وأصولها البشرية، وحضارتها، وإجراء البحوث عنها لمزيد من فهم خصائصها الاجتماعية، وكيفية نشر المسيحية بينها، وعلاج مشاكلها. وأيضاً على علاقات مصر القبطية بالنوبة وإثيوبيا وإريتريا والسودان وشمال إفريقيا قديماً، وحديثا، ودورها الديني والحضاري الحالي في عموم القارة السمراء.