ويهتم بدراسة العمارة القبطية وعناصرها، مع تحليل خصائصها ودراسة تطورها حتى الوقت الحاضر. ويتطلب ذلك دراسة نظريات العمارة، والنقد المعماري، وتاريخ العمارة الكنسية فى العالم، والإلمام بجوانب هندسية، مثل: دراسة الطرز المعمارية، وتطورها، ورموزها عبر العصور، ودراسة المساحة الأثرية (الرفع المساحى المبسط، والنظم المتطورة للمساحة)، ودراسة الرسم الهندسي (لغير المهندسين) لتحسين الأداء والمهارات في هذا المجال. ويهتم القسم أيضا وبصفة خاصة بدراسة تاريخ تطور وتصميم المباني الدينية القبطية من الكنائس والأديرة عبر العصور، وخصائصها المختلفة، ومقارنتها. ودراسة أسس تصميم مبانى الكنائس على ضوء الطقس والعقيدة القبطية الأرثوذكسية (الهياكل والمذابح، والمعموديات ومكانها، مكونات الكنيسة والهدف منها). وتمتد اهتمامات قسم العمارة إلى تحديد كيفية الاستفادة من التراث المعماري المصري القديم في تشكيل عمارة معاصرة تعبر عن التراث المعمارى المصرى والحضارة القبطية. ويحرص على تعليم الدارسين الطرق الحديثة والمعاصرة لتصميم مبنى الكنيسة القبطية، مع دراسة وتحليل نماذج من الإنجازات الهامة في هذا المجال.