ويشتمل المعهد على تسعة أقسام تندرج في ثلاث شعب تخصصية، هي:

1- شعبة العلوم الكنسية: وتشمل قسم علم اللاهوت، وقسم اللغة القبطية، وقسم الألحان والموسيقى القبطية.

2- شعبة التراث القبطي: وتتضمن قسم الفن القبطى، وقسم العمارة القبطية، وقسم الآثار القبطية والترميم والإرشاد السياحي.

3- شعبة العلوم الإنسانية: وتتكون من قسم التاريخ، وقسم الدراسات الإفريقية، قسم الاجتماع والتربية.